Что такое spp в микробиологии

Enterobacter spp. (качественный метод)

Описание исследования

Enterobacter spp. – это факультативные анаэробные* грамотрицательные бактерии, составляющие нормальную микрофлору кишечника. Они являются условно-патогенными, т.е. теми, которые при определенных условиях вызывают различные заболевания. Так, попадание Enterobacter spp. в другие органы становится причиной инфекционных заболеваний:

Среди прочих бактерий Enterobacter spp. наиболее часто вызывает внутрибольничные ангиогенных инфекций, инфекций мочевыводящих и дыхательных путей. Это обусловлено их повсеместным распространением и способностью обсеменять медицинское оборудование (в частности катетеры, вводимые в центральные вены), больничные предметы и мебель. По имеющимся данным на долю Enterobacter spp. приходится более 30% случаев развития сепсиса (заражения крови), более 65% случаев бактериального гастроэнтерита, не менее 75% случаев инфицирования мочевыводящих путей.

Данное исследование проводится методом полимеразной цепной реакции (ПЦР), позволяющим обнаружить специфические фрагменты ДНК Enterobacter spp. в тестируемых образцах биоматериала: урогенитальном соскобе, сперме, моче, соскобе буккального эпителия.

Аналитические показатели теста:

Факультативные анаэробные бактерии* – микроорганизмы, жизненный цикл которых может проходить как при отсутствии кислорода, так и при его присутствии. Этим они отличаются от облигатных анаэробов, которые при контакте с кислородом гибнут.

Подготовка к исследованию

Соскоб урогенитальный (цервикальный канал, влагалище, уретра)

Соскобы у женщин отбираются не ранее пятого дня от начала менструального цикла и не позже пятого дня до предполагаемой даты следующей менструации. Если наблюдаются явные признаки заболевания, отбор пробы проводится непосредственно в день обращения.

Требования по подготовке к тестированию:

Проба не отбирается:

При отборе эпителиальных клеток из мочеиспускательного канала, манипуляция проводится перед мочеиспусканием или через 1,5-2 часа после него.

Сперма

Отбор материала с целью диагностики проводится до начала противобактериального, антивирусного и противопаразитарного лечения, химиотерапии, а также до лечебных или диагностических мероприятий в месте предполагаемой локализации агента инфекции. После курса лечения проба отбирается не ранее, чем через 10-14 дней при проведении локальной терапии и через 30 дней после перорального приема антибиотиков.

На анализ собирается порция первой утренней мочи, выделенной не ранее, чем через 2-3 часа после предыдущего (ночного) мочеиспускания. Ее объем должен составлять порядка 20-30 мл. Емкость, используемая для сбора биоматериала – стерильный медицинский контейнер.

Моча собирается либо до проведения химиотерапии или лечения антибиотиками, либо через месяц после окончания курса лечения.

Перед началом манипуляции необходимо тщательно обмыть гениталии. Женщинам желательно воспользоваться гигиеническим тампоном во избежание попадания в пробу слизи из влагалища. Во время менструации материал не собирается.

После наполнения контейнера на треть-половину объема, емкость с мочой плотно закрывается крышкой, дабы избежать ее вытекания.

Доставка биоматериала должна быть организована в течение максимум 6 часов. До отправки в лабораторию моча может храниться как в холодильнике (при t⁰ от +2⁰С – замораживать ее нельзя), так и в комнате, но при этом температура не должна быть выше +25⁰С.

Соскоб буккального эпителия

Исследование проводится до проведения антибактериальной терапии.

Проба отбирается до приема пищи и проведения гигиенической обработки ротовой полости.

Соскоб берется медработником с внутренней поверхности щеки (буккального эпителия) или неба с помощью ворсинчатого зонда.

Показания к исследованию

Интерпретация исследования

Данный тест – качественный, результат выдается в формулировках «обнаружено» или «не обнаружено».

Нормой является отсутствие в исследуемой пробе специфических фрагментов ДНК Enterobacter spp.

Результат анализа выдается на бланке лаборатории медицинской компании «Наука». Пример результата по данному анализу представлен ниже:

Ф.И.О.: Иванов Иван Иванович Пол: м Год рождения: 01.01.0000

Дата исследования: 12.12.0000

Источник

Proteus spp. как предполагаемый патоген желудочно-кишечного тракта

Виды Proteus являются членами семейства бактерий Enterobacteriaceae. Чаще всего они распознаются клинически как причина инфекций мочевыводящих путей. Хотя Proteus spp. обычно считаются комменсалами желудочно-кишечного тракта (ЖКТ), их численность в процентном отношении к микробному сообществу очень низка (± 0,05%). В результате их обнаружение при болезненных состояниях с использованием профилей 16S и, возможно, метагеномики, возможно, привело к появлению Proteus spp. невозможно обнаружить из-за пороговых значений биоинформатической численности.

Недавняя идентификация Proteus spp. в качестве потенциальных патогенов при рецидиве болезни Крона после резекции кишечника служит стимулом для изучения их потенциальной роли в качестве кишечных патогенов. Этот обзор направлен на предоставление обзора рода Proteus с точки зрения его известных факторов вирулентности, а также на сопоставление доказательств, касающихся роли Proteus spp. в патофизиологии желудочно-кишечных заболеваний.

Характеристика рода Proteus.

Proteus spp. грамотрицательные бактерии, принадлежащие к семейству Enterobacteriaceae.и являются общими комменсалами микробиоты желудочно-кишечного тракта. Первые изоляты были описаны и охарактеризованы Хаузером в конце 19 века. В настоящее время род состоит из Proteus mirabilis, P. vulgaris, P. penneri, P. hauseri, P. terrae и P. cibarius, а также безымянных геномовидов 4, 5 и 6. У человека все нынешние представители этого рода, за исключением P. cibarius и P. terrae, были выделены из клинических образцов. Обычно кишечник человека заселен различными комбинациями P. vulgaris, P. mirabilis и P. penneri, но они составляют менее 0,05% кишечной микробиоты здоровых людей. В то время как Proteus spp. широко признаны патобионтами, а кишечник является резервуаром этих бактерий, исследования этого рода были сосредоточены на их роли в инфекциях мочевыводящих путей, а не в кишечных проявлениях.

Многие недавние исследования кишечного «микробиома» в отношении здоровья и болезней показали, что есть серьезные изменения в относительных пропорциях ключевых бактериальных таксонов, связанных с активным заболеванием, которое обычно называют «дисбактериозом». Одним из отличительных признаков дисбактериоза при воспалительных заболеваниях кишечника (ВЗК) является увеличение популяции типа Proteobacteria, в частности Enterobacteriaceae. Другим родам семейства Enterobacteriaceae, таким как Escherichia, Shigella, Salmonella и Klebsiella, уделялось должное внимание в этом отношении, а Proteus не был всесторонне исследован.

Виды Proteus представляют собой короткие (1,5–2 мкм) прямые стержни, которые демонстрируют диморфизм в виде «плавающих» и «роящихся» форм, как и некоторые другие представители семейства Enterobacteriaceae.

Proteus spp. в верхних отделах желудочно-кишечного тракта

Колонизация верхних отделов желудочно-кишечного тракта, включая пищевод и желудок.

Ач, вызванные видами Proteus у младенцев и пожилых людей, часто связаны с инструментарием ротоглотки. У 13 младенцев с зондами для кормления без желудочно-кишечных симптомов Proteus был изолирован из горла у 8% пациентов, из желудочного сока у 15% пациентов и из двенадцатиперстной кишки у 8% пациентов. У пожилых пациентов с назогастральным питательным зондом (NGT) виды Proteus были изолированы из ротоглотки у 24% пациентов и из желудочной жидкости у 26% пациентов. В другом исследовании колонизация ротоглотки видами Proteus присутствовала у 13% пациентов с чрескожной эндоскопической гастростомией (PEG) и 21% пациентов с NGT, а колонизация желудка присутствовала у 4% и 23% тех же пациентов. соответственно

Связь с гепатобилиарной болезнью.

Ранние культуральные исследования пациентов, перенесших хирургические операции на желчных путях, показали случайную изоляцию видов Proteus из желчных путей (13% образцов желчи). P. mirabilis также был выделен из желчи, полученной во время эндоскопической ретроградной холангиопанкреатографии (ERCP) в 6% культивированных образцов.

В метагеномном анализе с использованием многоточечного пиросеквенирования ректосигмоидное слизистое сообщество здоровых людей сравнивалось с таковым у пациентов с циррозом печени. Пациенты с циррозом имели повышенную долю видов Proteus по сравнению с контрольной группой; относительное количество у здоровых контролей составляло 0,0% по сравнению с 0,1% у пациентов с циррозом печени (P 0,00001). Микробы, продуцирующие уреазу, такие как Proteus spp., В кишечнике, как известно, вносят вклад в патогенез печеночной энцефалопатии за счет разложения мочевины до аммиака и угольной кислоты.

Виды Proteus являются выносливыми, адаптируемыми и потенциально патогенными обитателями желудочно-кишечного тракта человека и недооцениваются как причина желудочно-кишечных заболеваний. Взаимодействие микробов-хозяев и микробов-микробов с помощью Proteus spp., А также патогенность этого рода, которая может быть результатом увеличения популяции в ответ на изменения окружающей среды, становятся важными аспектами болезней, связанных с этим родом. Возможный вклад Proteus spp. кишечным заболеваниям и инфекциям уделяется некоторое внимание. Исследование вирулентности Proteus spp. в мочевыводящих путях, используя бактериологию подвздошных каналов и сегментов кишечника для увеличения мочевого пузыря, позволяет предположить, что Proteus spp. следует более внимательно изучить их потенциал в качестве возбудителей заболеваний желудочно-кишечного тракта.

Появляется все больше свидетельств того, что виды Proteus могут играть роль в воспалительных заболеваниях кишечника через прямое действие бактерий, усугубляемое уклонением и нарушением иммунной системы хозяина. Как грамотрицательные организмы, виды Proteus по своей природе обладают провоспалительным действием в результате продукции липополисахаридов (ЛПС) и иммуностимулирующих белков флагеллина. Может быть связь между видами Proteus и воспалительным заболеванием кишечника, особенно болезнью Крона, в основном за счет роста популяции и активации иммунной системы. Их низкая численность популяции не исключает потенциально большого патогенного воздействия.

Генетическая характеристика кишечных изолятов по сравнению с изолятами мочевыводящих путей будет важна для определения влияния факторов вирулентности на патогенез желудочно-кишечного тракта.

Исследования микробиома кишечника как экосистемы дают нам представление о видах Proteus, но все еще остаются без ответа вопросы. К ним относятся получение подтверждения того, что виды Proteus могут роиться в кишечнике человека, и устранение влияния индивидуальных изменений окружающей среды (например, хирургическое вмешательство, pH или концентрация кислорода) на популяцию Proteus, связанную со слизистой оболочкой.

Источник

Семейство Enterobacteriaceae. Часть 2

Автор: врач – клинический фармаколог Трубачева Е.С.

Сегодня мы закончим разговор о микроорганизмах из семейства Enterobacteriaceae, которое, как мы помним, является одним из самых проблематичных источников внутрибольничных инфекций, потому что возбудители умеют делиться и передавать в рамках почти всего семейства свои механизмы резистентности, и это при том, что изначально почти каждый представитель имеет природную устойчивость к целым классам антибиотиков.

Автор: врач – клинический фармаколог Трубачева Е.С.

Сегодня мы закончим разговор о микроорганизмах из семейства Enterobacteriaceae, которое, как мы помним, является одним из самых проблематичных источников внутрибольничных инфекций, потому что возбудители умеют делиться и передавать в рамках почти всего семейства свои механизмы резистентности, и это при том, что изначально почти каждый представитель имеет природную устойчивость к целым классам антибиотиков.

Героями сегодняшнего разговора станут энтеробактеры, серрации, морганеллы. Конечно, есть и другие представители и, возможно, в постковид они начнут встречаться намного чаще, но пока нам в рамках Азбуки достаточно вышеперечисленных плюс кишечные палки и клебсиеллы, о которых мы говорили ранее.

Enterobacter spp.

Микробиологические аспекты

Род энтеробактера включает несколько видов, но наиболее клинически значимыми из них являются:

Очень важно помнить, что энтеробактеры проявляют природную устойчивость к большому спектру антибиотиков, таким как бета-лактамы, к которым они продуцируют хромосомные AmpC бета-лактамазы, плазмидные бета-лактамазы расширенного спектра, а также карбапенемазы. Так как клинически значимые представители Enterobacter spp. обитают в желудочно-кишечном тракте человека, то основным источником инфицирования для пациента становится медицинский персонал, который просто по факту своей ежедневной работы в больнице с антибиотиками является резервуаром всевозможных антибиотикорезистентностей.

Клинически значимые аспекты

Enterobacter spp. является причиной:

Инфекций мочевыводящих путей: катетер— или инструментально-ассоциированных (как результат эндоскопических манипуляций контаминированным инструментарием).

Внутрибольничных пневмоний, в том числе вентилятор-ассоциированных.

Инфекций кожи и мягких тканей, таких как раневые инфекции, инфицирование пролежней, ожоговые инфекции и послеоперационные инфекции. Кроме того в случае полимикробного характера инфицирования пролежней возможно развитие сепсиса как исхода раневой инфекции.

Инфекций кровотока — катетер— и инструмент-ассоциированные.

Инфекций центральной нервной системы — менингиты, чаще всего внутрибольничные, как следствие нейрохирургических вмешательств.

Неонатальных инфекций, таких как некротический энтероколит, сепсис и менингит.

Чем лечить?

Ответ будет традиционным — лучше вообще не инфицировать, тогда не придется ломать голову, чем все это лечить. В основе терапии лежит обязательное микробиологическое исследование с определением антибиотикочувствительности.

В случае выявления представителей Enterobacter spp. при лечении тяжелых инфекций предпочтение следует отдавать комбинированной терапии, и самыми подходящими будут пиперациллин-тазобактам в комбинации с аминогликозидами или фторхинолонами. А для преодоления резистентности, вызванной бета-лактамазами расширенного спектра, можно использовать карбопенемы.

Для лечения инфекций мочевыводящих путей самым первым и наиважнейшим является удаление мочевого катетера до момента прекращения пиурии. Далее лечим либо исходя из профиля антибиотикограммы, либо ципрофлоксацином в правильно подобранной дозе, либо, как было указано выше, рассматриваем назначение нитрофуранов и фосфомицина.

Serratia spp.

Серрации по своей сути являются родными сестрами клебсиелл, но в отличие от последних только S.marcescens вызывает клинически значимые заболевания у людей, а остальные виды — S.liquefaciens и S.rubidaea — делают это значительно реже, и в обычной, доковидной жизни, ими можно было пренебречь.

Клинические аспекты

Что вызывает?

Катетер-ассоциированные инфекции и как их исход — сепсис.

Инфекции мочевыводящих путей как следствие медицинских манипуляций необработанным инструментом.

Раневые инфекции в послеоперационном периоде.

Нозокомиальные пневмонии как следствие интубации.

Конъюнктивиты и кератиты.

И редко вызывали остеомиелиты и эндокардиты

Терапевтические аспекты

В первую очередь про серрацию надо узнать, а значит, необходимо микробиологическое исследование. Во-вторую, вспомнить о природной устойчивости. В-третью, держать в уме то, что очень часто цефалоспорины третьего и четвертого поколения тоже не будут работать, так как посредством плазмид получают устойчивость от родственников по семейству Enterobacteriaceae, например, от родной сестры — клебсиеллы. Точно таким же образом серрация может оказаться устойчивой и к карбопенемам. К фторхинолонам резистентность так же уже давно описана.

Так чем лечить?

Лучше вообще не заражать — потому что если бак. лаборатория дает серрацию, то ниоткуда кроме как с наших рук она появиться не может, так как ни ходить, ни летать сия зверюшка до сих пор не научилась.

В случае развития тяжелых инфекций — сепсиса, вентилятор-ассоциированной пневмонии и т. п., и только при документированной чувствительности, препаратами выбора могут быть цефепим или меропенем, или ципрофлоксацин в вену в стандартных дозировках. Если чувствительность утеряна, то зовем клинического фармаколога, а если такового нет, то смотрим в сторону амикацина, пиперациллина-тазобактама и азтреонама, только помним об их побочных эффектах. Курс лечения соблюдать жизненно необходимо, чтобы зверюшка еще куда-нибудь не мутировала и новыми механизмами защиты не обзавелась. Обычно речь идет о 10–14 днях (но так как польза превышает вред, то нефротоксичность аминогликозидов со временем отступит, а ототоксичность — тут уж как повезет).

Инфекции мочеполового тракта лечим так же с учетом чувствительности, и если таковая располагает, то препаратом выбора становятся фторхинолоны, либо комбинация двух антибиотиков, например фторхинолон с карбапенемом или бета-лактам с аминогликозидом.

Эндокардиты с остеомиелитами бывают хоть и редко, но крайне метко, а потому снова сначала исследуем чувствительность, потом индивидуально в каждом случае подбираем антибиотики (а лучше зовем клинического фармаколога, пусть он мучается). И снова крайне важно соблюдение сроков лечения, для эндокардита это порядка четырех, а то и шести недель внутривенной антибактериальной терапии, а для остеомиелита не менее двух недель. Почему нельзя меньше? Потому что последует мутация и новый рецидив, а антибиотиков просто может не хватить, ибо, как и сестра-клебсиелла, серрация тоже умеет в панрезистентность.

В заключении хочется повторить, что и в этом случае проще помыть руки, чем разгребать последствия инфицирования серрацией. Мытье рук и проще, и дешевле, и, что самое главное, спокойнее.

Morganella spp.

Морганеллы будут последними представителями семейства Enterobacteriaceae, которых мы обсуждаем в рамках нашей Азбуки. Если кому-то станет интересно покопаться дальше, то к их услугам всегда будет четырехтомник по медицинской микробиологии под редакцией Лабинской, конкретно второй и третий том, в которых все очень подробно расписано, правда, чтение это для неподготовленного человека будет довольно сложным. Но вернемся к нашей морганелле.

Микробиологические аспекты

Морганелла существует только одна — M.morganii, но имеет два подвида — M.morganii и M.sibonii, которые отличаются только по ферментации треалозы, и никакого клинического значения данное отличие не имеет.

Конечно, и морганелла умеет в природную устойчивость к антибиотикам, а именно к пенициллинам, цефалоспоринам первого и второго поколения, макролидам и ко-тримоксазолу. При этом сохраняет высочайшую чувствительность к аминогликозидам, пиперациллину, цефалоспоринам третьего и четвертого поколения, фторхинолонам и карбопенемам. То есть данную зверюшку есть чем победить.

Клинические аспекты

Морганелла является представителем нормальной микрофлоры человека и самостоятельно крайне редко что-то вызывает. Этим крайне редким являются инфекции мочевыводящих путей, чему способствуют крайне пожилой возраст, длительная госпитализация, мочевой катетер и иммунодефицит любой этиологии.

В плане приобретенной антибиотикорезистентности морганелла обзавелась факторами устойчивости к фторхинолонам, что и понятно, учитывая какие именно заболевания она вызывает и чем их чаще всего лечат.

Что еще может вызывать?

Крайне редко — сепсис, как исход инфекции мочевыводящих путей.

Раневую хирургическую инфекцию.

Неонатальный сепсис и хореоамнионит.

Но стоит иметь в виду, что данные ситуации крайне редки, и стоит изначально подумать не об этом возбудителе, а о том, какой за ним может прятаться в виду контаминации материала, и лучше бы все еще раз пересеять и перепроверить.

Терапевтические аспекты

Если результат микробиологического исследования сомнений не вызывает и вы убеждены, что имеете дело с морганеллами, то препаратами выбора становятся карбопенемы, и только в случае их недоступности и документированной бактериологом чувствительности, можно посмотреть в сторону цефалоспоринов, например, цефтазидима (для которого нужна отдельная цефалоспориназа, чтобы он был инактивирован), а лучше цефтазидим-авибактама. Хотя если недоступны карбопенемы, то и Завицефте, скорее всего, взяться будет неоткуда.

Какие препараты могут быть использованы в качестве резервных? Решать этот вопрос также необходимо только после получения результата микробиологии и чувствительности в идеале по МПК, и только после этого рассматривать назначение цефепима или ципрофлоксацина, или аминогликозидов (они, к слову, в случае морганеллы могут обоснованно выступать в качестве монотерапии инфекций мочевыводящих путей).

На этом автор заканчивает обзор семейства Enterobacteriaceae и в сотый раз призывает: «Коллеги, мойте руки! Это намного проще, дешевле и быстрее, чем лечить то, что с немытых рук может упасть в пациента».

Источник

Что нужно знать о бактериальном вагинозе

Многие женщины сталкиваются с симптомами влагалищного дисбиоза. Обильные выделения, молочно-серого цвета и с неприятным запахом часто путают с «молочницей» и проводят «соответствующее» самолечение.

В большинстве случаев, такая стратегия быстрее навредит, чем поможет, поскольку причиной может быть бактериальный вагиноз (БВ).

Что такое баквагиноз

Согласно официальному определению, это невоспалительное заболевание влагалища, характеризующееся резким снижением или полным отсутствием лактофлоры и её заменой на анаэробные бактерии, среди которых наиболее распространены Gardnerella vaginalis (гарднерелла) и Atopobium vaginae (атопобиум).

У здоровых женщин репродуктивного возраста влагалищный микробиом на 95% представлен лактобактериями. Их способность к кислотообразованию (молочная кислота) и продукции перекиси водорода способствует поддержанию кислого pH и подавлению роста остальных микроорганизмов.

Оставшиеся 5% микрофлоры занимают более 300 видов аэробных и анаэробных микроорганизмов, среди которых:

Факторы риска и симптомы

Колонизация влагалища микрофлорой, связанной с баквагинозом, особенно Gardnerella vaginalis и Atopobium vaginae, сопровождается:

Отека и покраснения обычно не наблюдается, что является отличительным признаком от банального вагинита и кандидоза влагалища («молочницы»).

Диагностика

Самым простым, но косвенным, признаком нарушения влагалищной микрофлоры служит повышение pH >4,5. Для проведения такого «анализа» требуются всего лишь тест-полоски для измерения рН, доступные к покупке в любой аптеке. Однако, чтобы выявить возбудителя и начать адекватную терапию такой диагностики, конечно, недостаточно.

Современным и высокоточным методом диагностики влагалищных дисбиозов служит комплексное исследование «Флороценоз».

Этот тест разработан научными специалистами совместно с практикующими клиницистами. И предназначен для определения состава и соотношения нормальной и условно-патогенной флоры влагалища методом ПЦР.

Исследование представлено в 3-х вариантах для различных клинических ситуаций:

Название теста «говорит само за себя», а в результате будет отражено количество:

2. В случае, когда есть подозрения на нарушения более «широкого спектра», к применению рекомендован «Флороценоз», включающий подсчет:

3. При необходимости в дополнительной диагностике ИППП – подходит «Флороценоз – комплексное исследование», включающий в себя подсчет «классического состава» бактерий + выявление ДНК «виновников» ИППП:

Готовность анализов составляет 4-5 дней, а результат можно получить по электронной почте, в личном кабинете на сайте или в любом удобном отделении KDL.

Источник