Что такое root framework
Русские Блоги
Установите программное обеспечение ROOT, разработанное CERN, на Ubuntu
Установите программное обеспечение CERN ROOT в Ubuntu
Описание:
1. Подготовка к установке программного обеспечения
В процессе установки ROOT вам необходимо использовать подготовительное программное обеспечение, подробности см. На официальном сайте.https://root.cern.ch/build-prerequisites
Большая часть программного обеспечения может быть использована напрямую apt-get install или synaptic Установка, для простоты, используйте здесь synaptic установка.
Не забудьте обновить после изменения источника программного обеспечения
затем нажмите ищи Введите готовое программное обеспечение и дважды щелкните, чтобы выбрать
Рекомендуется установить следующее программное обеспечение. Другие необходимые программные пакеты будут автоматически установлены в соответствии с зависимостями:
Другое рекомендуемое программное обеспечение:
Нажмите после выбора Применять Подождите, пока установка завершится.
Во-вторых, установите ROOT
Подготовьте исходные файлы
Установить переменные среды
Подготовить скрипт установки
4 из них могут быть заменены другими, меньшими или равными количеству процессорных ядер, используемых вашим компьютером
Примечание. Обычный ноутбук на этом этапе занимает много времени, от десятков минут до нескольких часов, в зависимости от скорости работы компьютера, обратите внимание на следующие вещи:
, перезапустите это действие после завершения, предыдущий прогресс будет сохранен, вы можете продолжить;
В ожидании вы можете открыть новое окно и выполнить:
Проверьте ход компиляции и обратите внимание на наличие ошибок в двух окнах.
За это время вы сможете почистить фильм или посмотреть чемпионат мира.
Если на экране нет ошибки и log.make после завершения cmake, выполните:
тест программного обеспечения
Если это следующая картина:
Если нет, попробуйте выполнить снова:
Тогда, если появится следующая картинка:
Тогда поздравляем с успешной установкой!
Откройте файл, нажмите «I», чтобы войти в состояние редактирования, добавьте в конце:
Теперь откройте новое командное окно, введите root, и вы найдете ОК!
Теперь вы можете запустить несколько учебных пособий:
Если появится следующее изображение, тогда наслаждайтесь ROOT столько, сколько хотите
ROOT: analyzing petabytes of data, scientifically.
An open-source data analysis framework used by high energy physics and others.
ROOT enables statistically sound scientific analyses and visualization of large amounts of data: today, more than 1 exabyte (1,000,000,000 gigabyte) are stored in ROOT files. The Higgs was found with ROOT!
As high-performance software, ROOT is written mainly in C++. You can use it on Linux, macOS, or Windows; it works out of the box. ROOT is open source: use it freely, modify it, contribute to it!
ROOT comes with an incredible C++ interpreter, ideal for fast prototyping. Don’t like C++? ROOT integrates super-smoothly with Python thanks to its unique dynamic and powerful Python ⇄ C++ binding. Or what about using ROOT in a Jupyter notebook?
ROOT has now a brand new Manual, bringing “how do you read data with ROOT” and similar core aspects into contemporary ROOT. Much of the manual has been rethought and simplified, we hope and expect that concepts and interfaces are now easier to understand!
The ROOT GitHub repository is open for Hacktoberfest contributions!
So you love RDataFrame, but would like to use it on a cluster? We hear you! In fact, we just introduced in ROOT a Python package to enable distributing ROOT RDataFrame workloads to a set of remote resources. This feature is available in experimental phase since the latest ROOT 6.24 release, allowing users to write and run their applications from within the same interface while steering the computations to, for instance, an Apache Spark cluster.
Over the last decade we developed an interactive, interpretative C++ interpreter (aka REPL) as part of the high-energy physics (HEP) data analysis project – ROOT. We invested a significant effort to replace CINT, the C++ interpreter used until ROOT5, with a newly implemented REPL based on llvm – Cling. Cling is a core component of ROOT and has been in production since 2014.
Installing ROOT
ROOT is available on Linux, Mac, and (as a beta release) on Windows.
The latest stable ROOT release is 6.24/06 (about ROOT versioning scheme).
There are several ways to install ROOT on your computer: they are all listed in the table of content on the right. Which one is best for you depends on your operating system and usage requirements. In all cases, make sure to always use the most recent ROOT release possible to get the latest bug fixes, features and quick user support.
Download a pre-compiled binary distribution
We distribute pre-compiled ROOT for several major Linux distributions as well as MacOS and (as a beta) Windows. The steps to install a pre-compiled binary are simple:
For example, on Ubuntu 20, a user could execute the following bash commands to install ROOT v6.24/02, after installing all required dependencies:
Install via a package manager
Supported by the community: these packages are not maintained by the ROOT team, but by helpful members of the community. Please go through each package manager’s standard channels to report any related issue. If you package ROOT and would like to be added to the list below, please contact us by clicking the letter icon at the bottom of the page.
Conda
For any Linux distribution and MacOS, ROOT is available as a conda package. To create a new conda environment containing ROOT and activate it, execute
Setting channel_priority to strict is required to avoid conflicts on some platforms, see the relevant conda docs for more information.
The conda package uses C++17.
More instructions about using this package are available in this blog post.
Please report any issues with the conda package here.
On many Linux distributions, ROOT can be installed via Snap. For example, on Ubuntu:
The Snap package uses C++17. See our dedicated blog post for more information, or visit the official ROOT Snap package page.
Linux package managers
ROOT can be directly installed from the operating system’s package manager in the following Linux distributions:
Fedora
Fedora’s ROOT package can be installed with
More typically, however, users will want more than just the base package. The full list of components can be seen at https://src.fedoraproject.org/rpms/root/ by clicking in one of the offered versions. To install ROOT with support for python and notebooks, for example, run
CentOS
ROOT is available on CentOS via EPEL. To install ROOT on CentOS, just run
Arch Linux
Arch’s ROOT package can be installed with
The Arch package uses C++17.
Gentoo
The Gentoo package for ROOT is sci-physics/root. It can be installed with
NixOS/Nix/Nixpkgs
Running in a temporary environment can be achieved with
A root5 package is provided for the legacy software support.
If you encounter any issues, feel free report them to the nixpkgs issue tracker.
Ubuntu and Debian-based distributions
MacOS package managers
Homebrew
On Mac, ROOT is also available as a homebrew formula. You can install it with
Macports
After installing macports, the ROOT port can be installed with
Nix/Nixpkgs
The same instructions as for Linux apply when running on macOS.
LCG releases on CVMFS
Standalone ROOT
If your platform mounts CVMFS ROOT is directly available via LCG releases.
ROOT installations with minimal external dependencies are available for Fedora, Ubuntu, CentOS7 and MacOS at:
For example, to set up ROOT 6.24/02 on a CentOS7 machine, just run:
Make sure you use your system’s default compiler, just like this ROOT build.
Complete environment
ROOT, Geant4 and many other packages with all their dependencies are available as LCG views:
LCG views are available for CentOS7, CentOS8 and the latest MacOS and Ubuntu releases. For example, on CERN LXPLUS, you can set up a full environment that contains ROOT 6.24/00 with:
To check what ROOT version is contained in an LCG release, you can visit lcginfo.cern.ch.
Gentoo Prefix on CVMFS
ROOT is also experimentally available in a Gentoo Prefix installation inside the contrib area of the SFT CVMFS repository. To use it from there, run
This will drop you into a new shell where all software from the prefix is available.
Run in a Docker container
ROOT Docker containers for several linux flavours are available at ROOT’s official DockerHub.
Run on CERN LXPLUS
Users with a CERN computing account can simply connect to lxplus.cern.ch via SSH and start root : the latest stable version is installed as a normal system package.
Note that certain features (e.g. multi-threading capabilities) are not available on lxplus.cern.ch (or, equivalently, lxplus7.cern.ch ) due to incompatible versions of certain ROOT dependencies on CentOS7. You can use lxplus8.cern.ch to get access to CentOS8, where this limitation is not present.
Build from source
In case no other installation method is available, or if you want full control over the options ROOT is built with, it is possible to compile ROOT from source. See Building ROOT from source for detailed instructions.
As a quick summary, after installing all required dependencies, ROOT can be compiled with these commands on most UNIX-like systems:
ROOT Framework
Install latest/stable of ROOT Framework
Ubuntu 16.04 or later?
View in Desktop store
Make sure snap support is enabled in your Desktop store.
Install using the command line
An open-source data analysis framework used by high energy physics and others.
This snap is intended to provide an easy-to-install package of the ROOT framework for home users and students. This package is ideal for users who are looking for an easy installation process that is consistent across systems without the need for integration with other frameworks, IDE’s, or external packages. For these use-cases, you may want to take a look at other available builds of ROOT at https://root.cern/install/
ROOT is built using the C++17 standard, and it comes bundled along with Python 3.8/PyROOT and Jupyter Notebook / JupyROOT. NumPy, SciPy, Pandas, Matplotlib, Scikit-Learn and Tensorflow/Keras are included with the Python environments.
For user convenience, application entries for ROOT and PyROOT will be placed into the systems start menu by default.
Details for ROOT Framework
Share this snap
Generate an embeddable card to be shared on external websites.
Create embeddable card
Share embeddable card
Customise your embeddable card using the options below.
Анализ кода ROOT — фреймворка для анализа данных научных исследований
Пока в Стокгольме проходила 118-я Нобелевская неделя, в офисе разработки статического анализатора кода PVS-Studio готовился обзор кода проекта ROOT, используемого в научных исследованиях для обработки больших данных. Премию за такой код, конечно, не дашь, а вот подробный обзор интересных дефектов кода и лицензию для полной проверки проекта разработчики получат.
Введение
ROOT — набор утилит для работы с данными научных исследований. Он обеспечивает все функциональные возможности, необходимые для обработки больших данных, статистического анализа, визуализации и хранения. В основном написан на языке C++. Разработка началась в CERN (Европейская организация по ядерным исследованиям) для исследований по физике высоких энергий. Каждый день тысячи физиков используют ROOT-приложения для анализа своих данных или для моделирования.
PVS-Studio — это инструмент для выявления ошибок и потенциальных уязвимостей в исходном коде программ, написанных на языках С, C++, C# и Java. Работает в 64-битных системах на Windows, Linux и macOS и может анализировать код, предназначенный для 32-битных, 64-битных и встраиваемых ARM платформ.
Дебют новой диагностики
V1046 Unsafe usage of the bool’ and ‘int’ types together in the operation ‘&=’. GSLMultiRootFinder.h 175
Бета-версия анализатора, которая использовалась при проверке, нашла вот такую потрясающую ошибку.
Ожидание. Функция SetFunctionList обходит список итераторов. Если хоть один из них будет невалидным, то возвращаемое значение будет false, иначе true.
Реальность. Функция SetFunctionList может возвращать значение false даже для валидных итераторов. Разберёмся в ситуации.Функция AddFunction возвращает количество валидных итераторов в списке fFunctions. Т.е. при добавлении ненулевых итераторов, размер этого списка будет последовательно увеличиваться: 1, 2, 3, 4 и т.д. Вот тут и начнёт проявлять себя ошибка в коде:
Т.к. функция возвращает результат типа int, а не bool, то операция ‘&=’ с чётными числами будет давать значение false. Ведь младший бит чётных чисел всегда будет равен нулю. Следовательно, такая неочевидная ошибка будет портить результат функции SetFunctionsList даже для валидных аргументов.
Ошибки в условных выражениях
V501 There are identical sub-expressions to the left and to the right of the ‘&&’ operator: module && module rootcling_impl.cxx 3650
Начнём с самого безобидного примера. Указатель module проверяется два раза. Скорее всего, одна проверка лишняя. Но код лучше исправить, чтобы не возникало лишних вопросов.
V501 There are identical sub-expressions ‘strchr(fHostAuth->GetHost(), ‘*’)’ to the left and to the right of the ‘||’ operator. TAuthenticate.cxx 300
Тут в строке fHostAuth->GetHost() ищется один и тот же символ — ‘*’. Возможно, одним из них должен быть символ ‘?’. Обычно их используют для задания разных масок.
V517 The use of ‘if (A) <. >else if (A) <. >‘ pattern was detected. There is a probability of logical error presence. Check lines: 163, 165. TProofMonSenderML.cxx 163
Переменная fSummaryVrs дважды сравнивается с нулём. Это приводит к тому, что код в ветви else-if никогда не выполняется. А кода там написано немало…
V523 The ‘then’ statement is equivalent to the ‘else’ statement. TKDTree.cxx 805
Один и тот же copy-paste-код выполняется при любом условии. Возможно, есть опечатка в словах left и right.
Подобного подозрительного кода в проекте немало:
Скорее всего, тут нет ошибки. Анализатор обнаружил код, который можно сократить. Т.к. значение file_name_value.empty() проверяется в начале цикла, то ниже по коду эту проверку можно убрать, заметно сократив количество ненужного кода.
V590 Consider inspecting the ‘!file1 || c =’, а не ‘>’. Иначе возможен выход за границу массива на один элемент.
Эту ошибку расплодили по файлу несколько раз:
Скорее всего, в цикле for хотели сравнивать переменную dim с dm->fArrayDim, а не fArrayDim. Значение используемой переменной — отрицательное, благодаря условию в начале функции. Такой цикл никогда не выполняется.
V767 Suspicious access to element of ‘current’ array by a constant index inside a loop. TClingUtils.cxx 3082
Этот фрагмент кода парсит некую строку и проверяет её корректность. После того, как нулевой символ строки current определяется как число, выполняется обход всех остальных символов, чтобы убедиться, что до конца строки все символы — числа. Ну как выполняется… счётчик цикла i не используется в цикле. Надо было написать current[i], а не current[0] в условии.
Утечка памяти
V773 The function was exited without releasing the ‘optionlist’ pointer. A memory leak is possible. TDataMember.cxx 355
Во время выхода из функции не предусмотрено освобождение памяти по указателю optionList. Нужно ли это в данном конкретном случае — мне сложно сказать. Но обычно такие ошибки исправляют в проектах по отчётам PVS-Studio. Всё зависит от того, должна ли программа пытаться продолжить работать в нештатной ситуации или нет. Таких предупреждений в проекте много, разработчикам лучше перепроверить проект самостоятельно и посмотреть полный отчёт анализатора.
Снова про функцию memset
V597 The compiler could delete the ‘memset’ function call, which is used to flush ‘x’ buffer. The memset_s() function should be used to erase the private data. TMD5.cxx 366
Многие подумают, что когда код скомпилируется, в бинарный файл не попадёт этот комментарий, и будут правы :D. А вот что функция memset тоже будет удалена компилятором, догадываются не все. А это произойдёт. Если очищаемый буфер больше не будет использоваться в коде, то компилятор оптимизирует код и удалит вызов функции. Технически он прав, но если в буфере были секретные данные, то они там и останутся. Это классический дефект безопасности CWE-14.
Разные предупреждения
V591 Non-void function should return a value. LogLikelihoodFCN.h 108
В перегруженном операторе отсутствует возвращаемое значение. Тоже очень распространённая проблема в последнее время.
V596 The object was created but it is not being used. The ‘throw’ keyword could be missing: throw runtime_error(FOO); RTensor.hxx 363
Ошибка заключается в том, что случайно забыто ключевое слово throw. В результате данный код не генерирует исключение в случае ошибочной ситуации.
Всего нашлось два таких места. Второе:
Случай, похожий на те, что были описаны ранее про массивы. Здесь переменная n ограничивается диапазоном значений от 0 до 100. В таком случае существует ветвь кода, в которой произойдет деление на переменную n со значением 0. Скорее всего, ограничение значения n следует переписать таким образом:
V646 Consider inspecting the application’s logic. It’s possible that ‘else’ keyword is missing. TProofServ.cxx 729
Анализатор обнаружил странное форматирование. В одном месте отсутствует ключевое слово else. По коду можно предположить, что код действительно стоит исправить.
И ещё пару мест исправить заодно:
При работе с классом std::istream недостаточно вызова функции eof() для завершения цикла. В случае возникновения сбоя при чтении данных, вызов функции eof() будет всегда возвращать значение false, а других точек выхода из цикла в этом коде нет. Для завершения цикла в этом случае необходима дополнительная проверка значения, возвращаемого функцией fail():
Или просто написать:
V678 An object is used as an argument to its own method. Consider checking the first actual argument of the ‘Copy’ function. TFormLeafInfo.cxx 2414
Напоследок вот такая опечаточка. Вместо fSizes надо было передать orig.fSizes в функцию Copy.
Заключение
Примерно год назад делался обзор кода проекта NCBI Genome Workbench. Этот проект тоже используется в научных исследованиях, но генома. К чему я веду, программное обеспечение в этой сфере очень важно, но его качеству не уделяют должного внимания.
Кстати, на днях вышла macOS 10.15 Catalina, в которой отказались от поддержки 32-х битных приложений. И в PVS-Studio есть большой набор правил для выявления проблем при портировании программ на 64-х битные системы. Подробнее об этом в посте блога анализатора.
Если хотите поделиться этой статьей с англоязычной аудиторией, то прошу использовать ссылку на перевод: Svyatoslav Razmyslov. Analyzing the Code of ROOT, Scientific Data Analysis Framework.